Nadtlenek wodoru jest niestabilny i łatwo rozkłada się na tlen i wodę, co jest dość bezpieczne od tego momentu. Badania potwierdziły, że pozostałości nadtlenku wodoru w produktach nasączonych wodą będą stopniowo rozkładać się i znikać podczas procesu namaczania, a późniejsza obróbka również szybko je zniszczy.
W 2004 roku Komitet Ekspertów Światowej Organizacji Zdrowia (JECFA) ocenił, że pozostałości nadtlenku wodoru w żywności są tak niskie, że zanim konsumenci ją zjedzą, uległ on degradacji prawie do tego stopnia, że nie stanowi problemu, więc nie ma potrzeby ustalić „bezpieczne spożycie”.
Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków również klasyfikuje nadtlenek wodoru jako GRAS (tj. względnie bezpieczny) i jest ogólnie stosowany w ilości wymaganej do produkcji (tj. nieograniczone użycie). Na przykład maksymalna ilość stosowana w wędzonych niebieskich rybach i marynowanych jajach to „osiągnięcie efektu utleniającego i przeciwbakteryjnego”, a maksymalna ilość stosowana w przetwarzaniu flaków to „osiągnięcie efektu wybielania”. Ponadto nadtlenek wodoru może być również stosowany do czyszczenia i dezynfekcji owoców i warzyw.
Medyczny nadtlenek wodoru o stężeniu 3 procent na ogół nie stanowi dużego problemu, nawet jeśli jest przyjmowany przez pomyłkę. Ale jeśli nadtlenek wodoru o stężeniu 30 procent zostanie wypity bezpośrednio, może poparzyć przewód pokarmowy. Jest to jednak niezwykle rzadkie, ponieważ przeciętny człowiek nie ma kontaktu z tak wysokim stężeniem nadtlenku wodoru.
Ponadto nadtlenek wodoru może szybko rozkładać się w solach metali ciężkich, środowiskach zasadowych i gwałtownych uderzeniach, a nawet powodować wybuchy. Zwykle ma to miejsce podczas produkcji, przechowywania i transportu nadtlenku wodoru i jest mało prawdopodobne, aby napotkali je konsumenci.